为加强学生创新精神和实践能力的培养，学院鼓励学有余力且对数学研究工作有兴趣的本科生参加科研工作。经费支持来源于教育部“国家创新计划”、北京市创新计划、北京大学各类基金和学院。
大二春季学期时符合条件的学生提出科研资助申请，该生需无不及格课程，绩点在3.0以上，同时选定一位老师做研究指导教师，经学院审批后确定立项。经过一年的研究，大三春季学期需要提交一份中期进展报告，指导老师需要填写《中期检查评议表》。大四秋季学期研究项目结题，学生提交结题论文书面报告和电子版文档，指导老师需要填写《结题评议表》。项目结题时根据学生投入时间认定此项研究课程的学分：投入600—800学时认定为4学分，不足时认定为3学分或2学分。
下表为近五年数院本科生科研申请和结题情况：
年度 | 2018 | 2019 | 2020
| 2021 | 2022 |
承担项目 | 45 | 40 | 45 | 21 | 31 |
结题项目 | 32 | 39 | 30 | 19 |
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每年参加本科生科研项目的同学占该年级学生总数的1/4到1/3强。
通过本科生科研项目，学生不仅加深了对本专业理论知识的理解，提高了实践运用能力和书面表达能力，为大四毕业论文的写作及其后的学术研究和科研创新打下了坚实的基础，由此获得的学分还可以作为一门专业课程计入毕业学分。
